ในโลกที่มีช่วงเวลาลับอยู่ระหว่างรอยต่อของวัน ช่วงเวลาเงา มีเพียงผู้มีคุณสมบัติเท่านั้นที่จะยังเคลื่อนไหวอยู่ในช่วงเวลานี้ได้ และผู้ที่ถูกเลือกเท่านั้นที่จะกลายเป็นผู้ใช้เพอร์โซน่า เพื่อต่อสู้กับเหล่าสัตว์ประหลาด ชาโดว์ ยูกิ มาโคโตะ เด็กหนุ่มที่เพิ่งย้ายมาใหม่ บังเอิญค้นพบพลังของตนเองหลังจากถูกชาโดว์บุกโจมตี จึงได้เข้าร่วมกับ SEES ทีมปฏิบัติการต่อต้านชาโดว์ เพื่อช่วยเหลือผู้คนและไขปริศนาช่วงเวลาลับนี้ให้กระจ่าง